[R语言] Centos系统下Rstudio-server调用conda安装的R4.1流程总结

自从上一次服务器重装系统之后，总感觉缺少了一些东西，安装R包很多依赖库报错，也可以解决，但总是存在，烦。

• 操作系统centos7
  
• R 版本MRO4.0.2
  
• 有root权限
  
• 需要安装clusterProfiler和enrichplot包
  

• 用root权限，新建一个环境R4.1，然后在里面安装R4.1
  
• 在R4.1中安装那几个包
  
• 将Rstudio的R版本设置为新建环境的R4.1
  

• 不确定我用root新建的环境，能不能让大家使用
  
• 不确定Rstudio-server能不能指定新建环境中的R4.1版本
  

conda create -p /mnt/data/R4.1_and_Rstudio

source activate /mnt/data/R4.1_and_Rstudio/

conda install -c conda-forge r-base

R version 4.1.0 (2021-05-18) -- "Camp Pontanezen"
Copyright (C) 2021 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-conda-linux-gnu (64-bit)
R是自由软件，不带任何担保。
在某些条件下你可以将其自由散布。
用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。
R是个合作计划，有许多人为之做出了贡献.
用'contributors()'来看合作者的详细情况
用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。
用'demo()'来看一些示范程序，用'help()'来阅读在线帮助文件，或
用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。
用'q()'退出R.
>

wget https://download2.rstudio.org/server/centos7/x86_64/rstudio-server-rhel-1.4.1717-x86_64.rpm
sudo yum install rstudio-server-rhel-1.4.1717-x86_64.rpm

　　好吧，这是两行。

vi /etc/rstudio/rserver.conf

rsession-which-r=/mnt/data/R4.1_and_Rstudio/bin/R # 注意，这里是我们服务器上R4.1.0的路径

sudo rstudio-server status        #查看RStudio-server
sudo rstudio-server stop        #关闭RStudio-server
sudo rstudio-server restart       #重启RStudio-server

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("clusterProfiler")

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("enrichplot")

显示上面的包都安装失败，那我就分开安装，然后都安装成功了，最后这两个包也安装成功了。

> library(clusterProfiler)
错误: package or namespace load failed for ‘clusterProfiler’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 无法载入共享目标对象‘/mnt/data/R4.1_and_Rstudio/lib/R/library/png/libs/png.so’：:
  /lib64/libz.so.1: version `ZLIB_1.2.9' not found (required by /mnt/data/R4.1_and_Rstudio/lib/libpng16.so.16)
> library(clusterProfiler)
错误: package or namespace load failed for ‘clusterProfiler’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 无法载入共享目标对象‘/mnt/data/R4.1_and_Rstudio/lib/R/library/png/libs/png.so’：:
  /lib64/libz.so.1: version `ZLIB_1.2.9' not found (required by /mnt/data/R4.1_and_Rstudio/lib/libpng16.so.16)

> plot(1)
Error in RStudioGD() : 
  Shadow graphics device error: r error 4 (R code execution error)
此外: There were 50 or more warnings (use warnings() to see the first 50)

strings /lib64/libz.so.1 |grep "ZLIB*"

ZLIB_1.2.0
ZLIB_1.2.0.2
ZLIB_1.2.0.8
ZLIB_1.2.2
ZLIB_1.2.2.3
ZLIB_1.2.2.4
ZLIB_1.2.3.3
ZLIB_1.2.3.4
ZLIB_1.2.3.5
ZLIB_1.2.5.1
ZLIB_1.2.5.2
ZLIB_1.2.7.1

find / -name "libz.so.1"

# 确认其中的某一个libz.so.1含有ZLIB_1.2.9
strings /home/softwares/anaconda3/lib/libz.so.1 |grep "ZLIB*"
# 替换
rm /usr/lib64/libz.so.1
# 也可以使用ln -s来创建软连接
cp /home/softwares/anaconda3/lib/libz.so.1 /usr/lib64/